《意见》共18条，分为总体要求和强化联动、优化衔接、深化合作四部分。

第一部分，总体要求。《意见》第一条至第三条依据长江保护法第三条规定的基本原则，从三个方面对加强司法与行政执法工作协同提出总体要求。一是目标要求，明确要坚持生态优先、绿色发展，牢固树立和践行绿水青山就是金山银山的理念，服务保障好长江经济带发展、长三角一体化发展等区域重大战略实施。二是内容要求，明确要坚持统筹协调、系统治理，健全山水林田湖草沙一体化保护和系统治理机制，增进长江流域系统治理、整体治理、协同治理。三是工作要求，明确要坚持依法推进、务实高效，用最严格制度最严密法治保护长江流域生态环境，准确适用刑法、民法典、长江保护法等法律法规，形成齐抓共管的强大法治合力。

第二部分，强化联动。《意见》第四条至第八条从五个方面规定了强化执法司法工作协同的具体举措。一是加强沟通会商，聚焦污染防治攻坚、长江十年禁渔、河道采砂管理等重点领域和多发高发案件，统一执法司法标准和尺度，全面提升执法司法规范化水平。二是支持执法行动，坚持依法办案与促推治理并重，支持行政执法机关在长江流域跨行政区域、生态敏感区域和生态环境违法案件高发区域依法开展联合行动。三是专业技术保障，加强生态环境评估鉴定机构和专家队伍建设，完善评估鉴定标准规范，共享专家库，着力解决实践中鉴定难、鉴定贵问题。四是信息互通共享，加强数字赋能和信息化建设，推进跨部门大数据协同办案和情况通报，共享长江流域生态环境执法司法信息数据。五是纠纷多元化解，加强府院联动，充分发挥行政执法机关专业优势，做好环境资源诉讼与非诉讼纠纷解决机制的有机衔接，妥善化解矛盾纠纷。

第三部分，优化衔接。《意见》第九条至第十三条从五个方面规定了优化执法司法衔接的相关举措。一是案件移送衔接，加强长江保护行政执法与刑事司法、环境公益诉讼、生态环境损害赔偿诉讼衔接，发现需要追究刑事、民事、行政法律责任的，依法移送案件。二是跨域管辖协调，明确跨行政区划环境资源犯罪案件指定管辖的，应当遵循系统治理、整体保护、专业化审判、方便诉讼等要求，并及时商请同级司法机关。三是证据调取使用，办理环境资源案件需要向相关执法司法机关调查取证、调阅案卷的，有关机关依法予以协助配合，有关证据材料经查证属实可以依法作为证据使用。四是法律责任统筹，明确刑事、民事、行政法律责任的全面依法协调适用，违法行为人积极履行生态环境修复、赔偿责任的，依法作为从宽处理的情节。五是生态修复协作，加强生态环境修复跨部门协作，科学确定、合理实施修复方案，依法开展修复工作的监督落实、效果评估，共同维护修复效果。

第四部分，深化合作。《意见》第十四条至第十八条从五个方面规定了深化执法司法有关工作的合作安排。一是日常联络沟通，健全日常联络沟通机制，通过会议纪要、指导意见等形式，增强政策统一性、规则一致性、执行协同性。二是联合调研培训，开展跨部门联合调研培训和业务交流活动，增强执法司法人员的整体观、系统观、协同观，共同提高执法司法能力水平。三是法治基地共建，联合设立生态环境保护修复(法治宣传)基地，融合发挥生态修复、巡回审判、法治宣传、实践教育、文化和旅游、综合治理等作用，提高保护修复治理综合效能。四是联合普法宣传，及时总结、联合发布涉长江保护治理典型案事例，把普法宣传和保护传承弘扬长江文化结合起来，讲好长江保护法治故事。五是涉外法治协同，充分发挥长江流域连接丝绸之路经济带和21世纪海上丝绸之路的重要纽带作用，携手建设同高质量发展、高水平开放要求相适应的涉外法治体系和能力，服务共建“一带一路”绿色发展。